electroforesis en gel con gradiente de desnaturalización (DGGE) UA, Chile

REACTIVOS

-           -  Acrilamida

-          - Bisacrilamida

-          - Urea

-          - TEMED

-          - Persulfato de Amonio

-          - Buffer TAE 50X

-          - Agua Milli Q

-          - Formamida desionizada

-          - SYRB Gold o Red Gel (Biotium)

PASO 1

-          PREPARAR SOLUCIÒN A.B.A. 40% (Acrilamida/BisAcrilamida). La solución stock será de 50 mL.

-18,75 g de acrilamida

-0,5 g de Bisacrilamida

-50 mL de agua filtrada (0,22 µm) estéril

PASO 2

-          Con la solución stock ABA preparar solución stock (100%) y B (0%)

Solución A : 100 mL

   ABA : 18,8 mL

   Urea : 42 g (PM: 60,06 / mol)

   Formamida : 40 mL

   Buffer TBE o TAE 10X : 2 mL

  Agua destilada filtrada (0,22 µm) : 100 mL

Solución B: 100 mL

   ABA : 18,8 mL

  Buffer TBE o TAE 10X: 2 mL

  Agua destilada filtrada (0,22 µm) : 100 mL

Gradiente 60 %                                                                                                                                          9 mLsolución stock 80%                                                                                                                          3 mL solución stock 0%

Gradiente 40 %

6 mL solución stock 80%                                                                                                                            6 mL solución stock 0%

Agregar a ambas soluciones

TEMED : 11µL

APS : 100 µL

Protocolo PCR para hongos

- Agua miliQ   =   132 µL 
- Buffer PCR  =    50 µL
- MgCl2          =   20 µL
- Primer R     =    10µL Uni1392 reverse
- Primer F     =    10µL EuK1209F-GC
- dNTP = 5 µL
- Taq Polimerasa= 2,5 µL
- Muestra     =    2 µL
TOTAL     =     250 µL

Protocolo PCR para bacterias

- Agua miliQ   =   132 µL 
- Buffer PCR  =    50 µL
- MgCl2          =   20 µL
- Primer R     =    10µL 904R
- Primer F     =    10µL 341-GC
- dNTP =    5 µL
- Taq Polimerasa= 2,5 µL
- Muestra     =    2 µL
TOTAL     =     250 µL

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